Первые директора
1936-1937 годы - Букреев П.Е. - репрессирован в 1937 году.
1937-1940 годы - Шемелина И.В.
1941-1942 годы - Седаев СИ.
1942-1943 годы - Иванов Н.И.
1943-1946 годы - Баландина А.А.
1946-1947 годы - Миронов А.А.
1947-1951 годы - Тимошенко В.К.
1951-1956 годы - Перевалова А.И.
1956-1961 годы - Тверяков Александр Михайлович
1961-1964 годы - Смородинов О.В.
1964-1966 годы - Шурин Масгут Саубанович
1966-1971 годы - Корнилов Константин Матвеевич
1972-1977 годы - Гришин К.П.
1977-1981 годы - Силантьева В.А.
1981-1986 годы - Зотов Виктор Никифорович
1986-1997 годы - Гломыздов Ф.И.
1998-2000 годы - Ибрагимов А.Ф.
2001- 2018 годы - Еремина Галина Анатольевна
с 2019 года по 2020 год - Ахматнурова Альбина Хасановна
с 2020 года по 2021 год - Рысин Владимир Александрович
с 2022 года - Калимуллина Лиля Фанильевна
Шли годы, школа развивалась, и в 2009-2010 учебном году подтвердила свой статус, успешно пройдя аккредитацию. Инновационные изменения последних лет легли в основу решения педагогического коллектива об изменении статуса учреждения на лицей. В 2010 -11 учебном году аккредитация по изменению статуса была успешно пройдена и школа получила статус лицея. В это же время школа перешла на автономию, став муниципальным автономным общеобразовательным учреждением.
В 2021 учебном году, 30 апреля, в лицее состоялась торжественная церемония присвоения МАОУ «Лицей №46 имени полного кавалера ордена Славы Виктора Никифоровича Зотова»